Το Γενικό Προγραμματικό Σχέδιο αποτυπώνει τη μορφή των απαραίτητων λιμενικών και συγκοινωνιακών έργων που θα πρέπει να κατασκευαστούν για την αποτελεσματική και ασφαλή εξυπηρέτηση της μελλοντικής κίνησης του λιμένα, όπως αυτή θα έχει διαμορφωθεί σε βάθος χρόνου 20 έως 30 ετών. Τα προτεινόμενα έργα προσδιορίζονται λαμβάνοντας υπόψη τη βέλτιστη λειτουργική διάταξη για την εξυπηρέτηση της εκτιμώμενης κίνησης, επαρκή χερσαία και θαλάσσια ζώνη για τη μελλοντική λειτουργία του, καθώς επίσης και ικανοποιητική συγκοινωνιακή σύνδεσή των έργων με το τοπικό και εθνικό δίκτυο.
Το γενικό προγραμματικό σχέδιο περιλαμβάνει τεχνικά, οικονομικά, περιβαλλοντικά, νομικά, ναυτικά και κοινωνικά στοιχεία και επομένως απαιτεί μία πολύπλευρη προσέγγιση και διερεύνηση. Κρίσιμη πτυχή της ανάλυσης είναι η εκτίμηση των μελλοντικών εμπορευματικών και επιβατικών ροών που θα καθορίσουν το μέγεθος και τον τύπο των απαιτούμενων λιμενικών έργων για την κάλυψη της ζήτησης αυτής.
Η εκπόνηση ενός γενικού προγραμματικού σχεδίου είναι κομβικής σημασίας για το φορέα διαχείρισης του έργου καθώς με αυτό αποκτά έναν κοστολογημένο μακροπρόθεσμο λειτουργικό σχεδιασμό, τον οποίο μπορεί να υλοποιήσει τμηματικά ή και να αναθεωρήσει σε περίπτωση μεταβολής του οικονομικού ή κοινωνικού περιβάλλοντος. Ταυτόχρονα παρέχεται η δυνατότητα διερεύνησης της συμβατότητας του προτεινόμενου αναπτυξιακού σχεδιασμού με αυτόν που διαμορφώνεται σε τοπικό και εθνικό επίπεδο, ενώ εξετάζονται και οι δυνατότητες χρηματοδότησης των έργων.